В команду Сергея Шойгу, успев уже поработать на ряде ответственных постов, Тимур Иванов влился в качестве заместителя главы правительства Подмосковья в 2012 году, когда тот был губернатором региона. После назначения Шойгу министром обороны он возглавлял строительный холдинг министерства, а в 2016 году стал заместителем министра, ответственным за строительство жилья, в том числе военную ипотеку, и объектов Минобороны (базы подлодок, аэродромы, военные городки, секретные объекты госуправления), медицинское обеспечение ВС РФ. Возглавлял стройку Главного храма ВС России и парка «Патриот», участвовал в строительстве космодрома «Восточный», восстановлении Мариуполя.
Нет сомнений, что окончивший факультет ВМК МГУ чиновник высшего разряда — опытный и одаренный управленец. Наследство в стройкомплексе МО ему досталось чрезвычайно тяжелое. Предшественники успели заключить множество контрактов на строительство специальных объектов с хозяином специализирующегося на объектах специального строительства «Титан-2» Григорием Нагинским, тоже успевшим послужить заместителем министра обороны с аналогичными функциями.
Сказать, что Нагинский не справился со сроками, объемами и качеством — ничего не сказать. Дело быстро шло к тяжелому кризису. Ведь спецстроительство характерно не только повышенными коэффициентами, образующими прибыль, но и возможностями скрыть потоки финансов в сфере государственной тайны.
Стоит ли удивляться, что замминистра обороны Нагинский выбрал в подрядчики на самые выгодные контракты собственный холдинг или близкие структуры? Но если взлетная полоса для стратегической авиации лопается пополам из-за несоблюдения технологий и норм строительства (правильнее сказать — удешевления), генералы начинают возмущаться. Это оборотная сторона специального строительства — высочайшая ответственность, чреватая большими рисками, вплоть до экологических катастроф.
На момент снятия с должности Нагинского список просроченных объектов, на которых сплошь и рядом было растрачено авансирование (рабочие сидели без зарплаты), составлял десятки позиций. Получив к должности такой «довесок», Тимур Иванов преобразовал с согласия Шойгу и Путина строительный сектор Минобороны в весьма специфической форме публично-правовой компании. О проблемах того времени и сути реформы он рассказал «Новой газете» в интервью в 2019 году.