Будущий президент Филиппин родился в 1945 году в провинции Себу, где его семья обладала обширными связями: немало местных политиков носят фамилию Дутерте или состоят с ними в близком родстве. Хоть он и прожил там всего несколько лет, себя он всегда называл себуанцем. Позже, десятилетия спустя, политик признавался, что считает этот регион наиболее подходящим местом для жизни на пенсии. Сейчас эта перспектива для него достаточно туманна.
Вскоре после рождения Родриго его семья переехала за лучшей жизнью на остров Минданао, который в ту пору имел репутацию «земли обетованной» — местности плодородной, богатой и полной перспектив. Детство политика прошло в Давао, крупном городе и главном торговом порту острова.
Путь к знаниям для юного Родриго оказался коварен и тернист. Мальчика несколько раз выгоняли из школы за плохое поведение, прежде чем он смог получить среднее образование. Несмотря на хилое телосложение, он постоянно влезал в драки, и его родители наверняка горько сетовали на плохое влияние и дурную компанию. С возрастом, впрочем, Родриго остепенился и получил сначала степень бакалавра в лицее Филиппинского университета в Маниле, а затем юридическое образование в колледже Сан-Беда. Это произошло в 1972 году. В тот год Фердинанд Маркос, чей второй (и по закону последний) президентский срок близился к завершению, объявил по телевидению, что ввел на Филиппинах военное положение. Так начался период диктатуры, продолжавшийся 14 лет.
Пока Маркос укреплял абсолютную единоличную власть, Родриго строил юридическую карьеру. Будучи сыном политиков, он не стремился следовать по их пути, зато успешно поднимался все выше и выше в прокуратуре Давао. К пересмотру карьерного трека его подтолкнула мать. Соледад Роа-Дутерте была ведущей оппозиционной фигурой на Минданао. В 1986 году в Давао она стала одним из лидеров Желтой революции, приведшей к падению режима Маркоса. Но когда ее попросили занять пост вице-мэра, отказалась и предложила на эту должность своего сына. Так сорокалетний Родриго вошел в политику.