В 2010 году следствие выдвинуло версию, что Наташу Эстемирову похитили чеченские боевики, входившие в так называемый шалажинский джамаат, назвали имя одного из боевиков — Алхазур Башаев — и объявили его в федеральный и международный розыск.
Мотивом убийства, по версии следствия, стала анонимная публикация «Мемориала»* весной 2009 года о спецоперации в селе Шалажи. Каким именно образом боевики шалажинского джамаата установили, что автором информационного сообщения является Наташа Эстемирова, а не какой-либо другой сотрудник чеченского филиала «Мемориала» (а тогда в Чечне работало два отдела и сотрудников было не так чтобы мало), следствие не пояснило.