Он был арестован 17 сентября 1938 года. В качестве одного из пунктов обвинительного заключения, составленного следователями, фигурировало «протаскивание троцкистских пораженческих взглядов в преподавательской работе по кафедре подготовки страны к обороне и в литературных трудах», основанное на выводах экспертной комиссии, рецензировавшей печатные работы Алксниса. По оценке комиссии, они имели «ряд политически неверных, вредных положений». Сам Алкснис эти обвинения отверг и заявил, что комиссия его труды недопонимает.
28 апреля 1939 года Алкснис предстал перед судом Военной коллегии на Никольской, 23 в Москве. Из этого здания почти никто не выходил живым, поэтому и знаем мы его не по адресу, а по народному имени — Расстрельный дом. На суде от также не признал своей вины, а по поводу своих научных трудов заявил, что хотя они несколько устарели, но вредными не являются.
ВКВС проявила гуманность и осудила Алксниса на 15 лет лагерей.
Алкснис подал кассационную жалобу, рассмотренную Пленумом Верховного Суда СССР. Его решением от 4 апреля 1940 года приговор был отменен, а дело направлено на новое расследование со стадии предварительного следствия. Осенью 1940-го состоялся новый суд, на котором Алкснис вновь был приговорен все к тем же 15 годам ИТЛ.
Срок Алкснис отбывал в Устьвымлаге. В декабре 1943 года уже Ульрих направил в Пленум Верховного Суда СССР протест по делу Яна Алксниса. И 6 января 1944 года своим постановлением пленум вновь отменил приговор, направил дело на новое расследование со стадии предварительного следствия.
Однако вскоре выяснилось, что в декабре 1943-го, а именно 22 числа, Алкснис скончался. 21 марта 1944-го дело в отношении Алксниса было прекращено в связи со смертью обвиняемого.
Реабилитирован он 24 августа 1956 года.
В 1990-м на Никольской, 23 был Московский облвоенкомат. Порядки тогда были попроще.
Я работал тогда обозревателем «Известий», и мне пообещали показать этот дом.
Мы встретились со знаменитым тогда военным историком полковником Василием Дмитриевичем Поликарповым и военным прокурором, одним из героев хрущевской реабилитации, Борисом Алексеевичем Викторовым перед входом, как договорились. Поликарпов прикрикнул на часового, и нас безропотно пропустили. Поднялись в кабинет военкома, тот поднялся и вопросительно посмотрел на нас.
Викторов брезгливо сказал:
— Все, конечно, перестроено… Ничего похожего…
И мы вышли.
Когда-то здесь сидел сталинский обер-палач Ульрих. Здесь судили и приговорили Тухачевского, Корка, Примакова и остальных.
И расстреливали здесь же, в подвале. А комдиву Алкснису повезло.
Только с 1 октября 1936 года по 30 сентября 1938 года Военная коллегия Верховного Суда СССР вынесла приговоры к высшей мере наказания в отношении 38 955 человек, к тюремному заключению — 5643 человека. Правда, это с учетом выездных заседаний в 60 городах страны.