12 октября 2018 года в печатной версии издания и в электронном периодическом издании «Новая газета» была опубликована статья Ирека Муртазина «Особо важное убийство», посвященная обстоятельствам убийства старшего следователя по особо важным делам Управления МВД на транспорте по Центральному федеральному округу подполковника Евгении Шишкиной.

В статье приводилась информация об уголовном деле, которое находилось в производстве следователя Шишкиной и было связано с хищениями средств РЖД через фирмы ООО «УФС» и ООО «Электронный билет». Эта информация не соответствует действительности. Находившееся в производстве следователя Шишкиной дело касается деятельности ОПГ по хищению средств РЖД и Аэрофлота через схему фиктивного возврата билетов, к которой ни одна из указанных компаний, а также В.И. Якунин и А.В. Якунин, не имели и не имеют отношения.

В статье утверждается, что вышеуказанные фирмы ООО «УФС» и ООО «Электронный билет» якобы подконтрольны бывшему главе РЖД В.И. Якунину через его сына А.В. Якунина. Эта информация также не соответствует действительности.

Основанное на этом предположение автора о какой-либо причастности В.И. Якунина и А.В. Якунина к убийству следователя Евгении Шишкиной не имеет под собой никаких реальных оснований.

Редакция «Новой газеты» приносит В.И. Якунину и А.В. Якунину свои извинения.