Причиной смерти стал обширный инфаркт — уже второй за время нахождения Афанасьева в заключении. Ситуацию осложнило и то, что в колонии осужденный приобрел язву желудка, к тому же усугубились его хронические заболевания. Ученого похоронили в Петербурге 15 апреля.

Об этом деле «Новая» рассказывала подробно (см. №№12, 15 за 2013 год). Профессоров БГТУ — Евгения Афанасьева и Святослава Бобышева — в феврале 2012 года следователи ФСБ обвинили в «госизмене» и «выдаче государственной тайны».

По версии следствия, преподаватели одного из ведущих отечественных оборонных вузов «продали секретные сведения китайской разведке». Правда, каким способом и кому конкретно были проданы секреты, спецслужбы не дознались. Сам факт, время и место передачи тайных бумаг и электронных носителей тоже не установили. Тем не менее констатировали: в 2006–2009 годах Афанасьев и Бобышев неоднократно выезжали в Китай, где не только занимались преподавательской деятельностью, но и общались с местными спецслужбами. И в ходе этого общения, уверяют чекисты, сотрудники БГТУ как-то передали китайской стороне данные о телеметрии новейшей морской ракеты «Булава». «Услуги» российских ученых в Китае якобы оценили в 7 тысяч долларов. Однако родное государство подсчитало: ему нанесен «ущерб в форме упущенной выгоды» в размере 1 млрд 30 млн рублей.

В июне 2012 года Городской суд Петербурга признал профессоров виновными и приговорил Бобышева и Афанасьева к 12 и 12,5 годам лишения свободы соответственно. В феврале 2013 года Верховный суд, рассмотрев апелляцию, оставил вердикт в силе. Как говорят родственники Евгения Васильевича, учитывая возраст и состояние здоровья обвиняемого даже на тот момент, фактически судьи вынесли ему смертный приговор.